海事博物馆由海事及水局前身为港局管理,前身是1919年在港局大楼内的海事及渔业博物馆,当年主要展出的是各类捕鱼绳网船只模型及简单的航海用品。到1934年该馆迁往外港的空军飞机库时,藏品已增加了船坞模型各式船上用品以及数百个鱼类标本等。但不幸的是,该博物馆在1945年1月16日因被怀疑飞机库内储有日军汽油而遭美军空袭,藏品悉数尽毁。
1986年,时任港局局长苏励治提出于妈阁庙前地建立海事博物馆,该建议旋即得到批准,并于1987年竣工正式对外开放即现在妈祖阁旁的行政大楼,后随着馆藏愈愈丰富及参观人数的增加,政府决定修建新大楼。1990年6月24日,全新的博物馆开幕,总面积为2,400方米,展览面积1,000方米,外形似一艘扬着白帆的三桅船,主要分为海事博物馆主体展楼水族馆露天茶座和以海事为主题的附属图书馆此图书馆不在博物馆内4部分。
至于海事博物馆主体展楼就建在当年首批葡萄牙人登岸的地方,高3层,首层与2层之间有一阁楼,而2层及3层为半开放式建筑设计,站在阁楼即可看到2层和3层部分展区。这种开放式的设计使得整体空间变得开阔,无丝毫的侷促感,且预先知晓2层及3层的部分展览内容更能增强参观者的观看意欲。单从建筑学的角度看,澳门海事博物馆内外设计独特,本身已是一件艺术品,但要发掘澳门海事博物馆的内涵还得从每层楼的特色展区及每件展品去细细品味。
从正门步入海事博物馆,入口的右边是一幅以海员船上作业为主题的石雕壁画,壁画的右边以葡英3种文字书写1990年6月24日开幕,为献给建立世界各人民友谊的航海先驱而建。
绕过壁画,往里走,便是海事民俗展览厅,展厅最能吸引目光的是左边的鱼栏模拟场景,两位看家的阿公阿婆都是实物比例模型。在展区内顺时针参观,鱼栏隔壁就是泥滩作业的情况介绍,这里展示了作业工具泥板的实物及蠔的生长情况。再往上是个阁楼,陈列了渔民几种服饰以及澳门渔民家庭的模拟场景,配有语音介绍。由阁楼下继续走首层的展区,将看到一连串丰富的展览内容不同类型船只的模型南鱼类捕鱼场及大帆船厂模型造船工具实物等等。整个展室的则是以轴叶式的展板介绍了澳门各大节庆的情况以及节庆的典型用具。在离开展区之前还可以走入音像视听室了解妈阁的故事,备有葡语粤语普通话及英语讲解。
走出展室便是纪念品售卖部,出售以博物馆为题材的书籍,此外亦有一些由博物馆自设工场制造的船只模型。沿着纪念品部旁的楼梯走上梯间的阁楼,是一个独立的展区,这里展出了一批葡萄牙传统船只模型,还配以3种语言介绍相关的内容。
由阁楼步上第二层,是海事历史展览厅,这里陈列了古代的战船及商船模型,还具体展示了商船上运载的商品,如茶姜肉桂等。而古代航海历史最重要的部分郑和下西洋,当然也纳入了展览内容。展区的其余部分还介绍了葡萄牙航海历史经果亚马六甲澳门日本的大黑船以及17世纪澳门立体地图。可以说这里已不再单单呈现了大航海时代的海事,还构筑了一个个昔日湛蓝而无边的梦。
第三层为海事技术展览厅,主要介绍了潮汐测量航海信号现代船只模型主要是澳门至广州和香港的客轮模型,包括蒸汽轮到喷射船挖泥机和濬河开发以及现代军事战船等等。这层最吸引人的便是模拟北半球星座天空的天幕设计,只要按一下星座按钮,相应的星座就在头顶蔚蓝的萤光穹宇上闪烁,十分有趣。
从第三层后楼梯下行至位于第二层的独立式展馆水族馆,这个馆的主角当然是颜色鲜艳五彩斑斓的珊瑚鱼,另外这里还展示了湿地鸟类的模型以及各种贝壳类的标本,以满足参观者对海洋及湿地生物的求知欲。水族馆的下一层就是露天茶座,茶座面对妈阁庙,临十字门水道,环境优美,茶座的地面设计类似古代指南针,颇具特色。
海事博物馆的附属图书馆拥有约2,500册书籍,类型包括海事技术学海事民俗学葡萄牙及海事历史船只的建造模型制造和水族学等等。值得注意的是这里还有相当数量的图片和图则,其包括1920年至期有关海事的底片和一些古老的葡萄牙大型船只的图则,对澳门的海事研究,可谓弥足珍贵。除此之外,海事博物馆多年亦出版了为数不少有关海事与水上风俗的研究著作,如澳门鱼类澳门水面醮与朱大仙信仰等,引起学术界的注意。